共有7种秘传技能，分别是一字斩、飞天、冲浪、怪力、碎岩、鱼跃龙门（攀瀑）和闪光术。这些技能不仅能在战斗中发挥作用，更是探索地图的关键道具，部分技能需要特定徽章才能使用。秘传技能一旦学会无法被宝可梦自行遗忘，必须通过遗忘老人才能删除，这种机制增加了技能选择的策略性。
一字斩是最早获得的秘传技能，由圣安奴号船长赠送，主要用于清除挡路的小树。飞空术需要在彩虹市左边卡比兽左上角屋子里的女性NPC处获得，这是游戏中最便捷的快速移动方式。冲浪术则位于野生原野区最深处的屋子里，持有者可以探索水域并触发特殊战斗。这些技能的获取顺序与游戏进度紧密相关，合理规划获取路线能显著提升游戏体验。
怪力术的获取流程较为复杂，需要先在浅红市狩猎区找到园长的假牙并归还，作为回报园长会赠送该技能。碎岩术需要前往一之岛的温泉处，由一位白胡子老头给予。鱼跃龙门（攀瀑）位于四岛的阴森洞穴内，而闪光术则需要先拥有一字斩和10个图鉴后，在地鼠洞穴通道里由博士的助手赠送。这种分散在各处的设计鼓励玩家全面探索游戏世界。
秘传技能在地图探索中具有不可替代的作用，比如碎岩术能打碎岩石障碍，怪力术可推动巨石开路。火红版本中并不包含潜水秘传技能，这与后续版本存在明显区别。所有秘传技能都是永久性道具，不会像普通技能机器那样一次性消耗，这种设定降低了玩家的资源管理压力。
