虫洞探索是获取稀有资源的重要途径，属于高风险高回报的核心玩法，指挥官等级达到15级后开放。进入虫洞主要有两种方式：一是通过行动界面的每日探索任务直接参与；二是在宇宙中开启星图，将显示模式切换至虫洞分布视图，手动寻找并前往对应颜色的虫洞入口。虫洞本身根据危险程度分为多种等级，从平静到凶险，颜色越深代表难度越高，但潜在的奖励也越丰厚。不同吨位的舰船会进入不同的虫洞副本，因此组队时务必统一船型，例如全部使用巡洋舰或驱逐舰，否则会处于不利境地。
进入虫洞后，舰船会立即受到空间扭曲效应的影响，这是一个随时间推移而不断加重的负面状态，最高可削减95%的能量恢复效率，大约20分钟就能让舰船几乎失去能量回复能力，因此能量管理是探索过程中的首要课题。虫洞内部空间结构主要划分为维序区和暗区两大部分，维序区属于安全区域，禁止玩家之间的PVP战斗，适合新手熟悉环境；暗区则是允许自由交战的区域，风险更高但奖励品质通常更优。一个实用的技巧是，在维序区将扭曲层数累积到一定程度（例如7层左右）后再进入暗区，此举可以重置扭曲效果的计时，从而获得额外的有效探索时间。
虫洞内的任务类型多样，主要可分为战斗任务和特殊事件两大类。战斗任务通常要求玩家依次击败数波敌舰，全部消灭后会掉落可开启的货柜宝箱。特殊事件则包含更多互动和解谜元素，例如遗弃前哨站需要解答数学数列谜题，信标排序任务要求通过互动点亮全部灯柱，而采矿任务中的磁流铁则需要先攻击破坏其外壳才能进行采集。还会遇到诸如打劫三人组或虫洞神父等带有剧情选择的事件，不同的对话选项会导向不同的奖励或战斗结果。
针对虫洞环境进行合理的舰船与装备配置是成功的关键。舰船方面，推荐使用驱逐舰或巡洋舰，这两类舰船在船舱容量、机动性与生存能力之间取得了较好的平衡，即便不幸被击毁，损失成本也相对低于战列舰。装备配置的核心是应对能量衰减，必须携带能量回充增效器等能量回复组件。武器方面，考虑到能耗与输出的平衡，推荐使用二联装型号。务必在船舱内装载与主武器型号完全匹配的备用弹药，以确保在弹药耗尽后能自动补充。援护舰长的配置也需重视，他们能承担伤害、吸引敌方毁电火力，某些舰长还能提供宝贵的护盾或能量回复支援。
需要明确优先级。战斗中应优先集火消灭名为捍卫者、追逐者或追猎者的敌舰，它们携带的毁电装置能迅速瘫痪你的舰船。探索时，建议优先寻找并完成带有加号图标的BUFF任务，以获得增益效果。对于部分特殊事件，如旅行者事件，无需攻击所有目标，解决特定敌人即可。每日的虫洞探索次数有限，通常无特定状态每日可进入2次，拥有开拓者状态可增加至3次，因此需要合理规划每次探索的路线与目标。当扭曲效应达到十层，能量恢复基本停滞时，应及时通过虫洞出口撤离，以保全战果。
