武器系统是游戏的核心玩法之一，不同武器具备独特的攻击方式和战斗风格。游戏中的武器主要分为近战和远程两类，近战武器包括剑、锤、双刺、忍刀、大刀等，远程武器则有飞镖、火枪、飞轮等。每种武器都有其专属的出招表和连招技巧，玩家需要根据战斗场景和敌人类型灵活切换。武器的选择直接影响战斗节奏和策略，例如剑类武器攻速中等，适合灵活走位和连招，而锤类武器攻击力高但操作迟钝，需注意防打断。
近战武器中，剑是游戏的基础武器之一，招式包括乱草、巧篆、重隶等，通过轻重攻击组合可形成多段连击。锤类武器以高伤害著称，绝学技能如俯爆压头灯具有破防效果，但出招速度较慢。双刺则强调快速攻击和控制，招式七星踏可快速突进，十字鞭能破防。忍刀以诡谲的攻击方式著称，技能忍同归于尽甚至能牺牲自身造成高额伤害。大刀攻击范围广，适合群体战斗，招式龙影断岳可击退多个敌人。
远程武器为战斗提供了更多战术选择。飞镖擅长中距离牵制，技能八方绝可在空中释放，具有吸气效果。火枪是唯一的枪械类武器，熔铁可破防，烈焰监狱能形成范围弹幕。飞轮攻击方式独特，千刀万剑可解围，死亡轮盘能造成长时间僵直。指虎作为特殊近战武器，攻速快且破防能力强，适合贴身连击。这些远程武器虽然伤害较低，但能有效干扰敌人行动，为近战创造机会。
武器的出招机制是游戏深度的重要体现。每种武器都有基础攻击、特殊技和必杀技三个层次的招式。基础攻击通过连续按键触发，特殊技需要结合方向键，必杀技则消耗气槽释放。例如长剑的凤凰羽需要←→↑A组合键，具有破防效果；双刺的合太极可通过↓←→A发动，兼具吸气和破防功能。玩家需熟练掌握武器的出招表，才能在实战中流畅衔接不同招式。
武器的选择应结合玩家操作习惯和战斗场景。对于新手，建议从剑或拳套入手，这类武器操作相对简单，能快速熟悉游戏机制。进阶玩家可尝试锤或大刀，通过精准的时机把控发挥其高伤害特性。在团队作战中，长枪的远程牵制或双刺的控制效果更为实用。没有绝对强势的武器，关键在于理解每种武器的特性和劣势，通过连招和走位弥补不足。
游戏中的武器系统设计体现了武侠战斗的多样性。从迅捷的匕首到沉重的巨锤，从灵动的双刺到霸道的长枪，每种武器都能带来截然不同的战斗体验。玩家需要通过持续练习，掌握武器的出招节奏和连招技巧，才能在各种战斗场景中游刃有余。武器的熟练度直接决定了战斗效率，这也是流星蝴蝶剑作为硬核动作游戏的核心魅力所在。
