铲除已种植的种子或作物需要使用特定工具和方法。对于未成熟的作物，直接使用斧头或镐子即可清除，但会永久破坏该地块的耕作状态；若想保留耕地，则需使用镰刀收割成熟作物。需铲除行为会消耗体力值，且不同工具的效率存在差异。工具等级越高，清除速度越快，但高级工具可能对耕地造成额外影响。
清除种子的具体操作分为几个步骤：首先打开工具栏，选择对应工具（斧头/镐子/镰刀），将光标对准目标地块后点击执行。使用斧头清除时会连带破坏耕地，而镐子虽能保留耕地但效率较低。特殊情况下如温室种植的作物，清除方法与常规农田一致，但温室作物不受季节限制，需特别注意避免误铲高价值作物。清除过程中若体力不足，角色将无法继续行动。
对于已铺设洒水器的地块，清除作物时需额外注意工具选择。使用斧头或镐子可能损坏相邻洒水设备，建议优先采用镰刀收割成熟作物。若必须清除未成熟作物，可先移除洒水器再进行处理。温室内的果树清除较为特殊，需要连续使用斧头砍伐多次才能完全移除，期间会阶段性掉落木材资源。
雨天清除作物能节省浇水体力，但需注意地面泥泞可能影响操作精度。季节更替时系统会自动清除非当季作物，手动清除反而可能造成资源浪费。对于需要保留种子的情况，可使用回收机将作物转化为种子，这种方法虽耗时但能最大限度减少损失。
特殊作物如上古水果或巨大作物需要采用特定清除方式。上古水果成熟后可持续产出，清除前需权衡长期收益；巨大作物必须使用炸弹或斧头才能彻底移除。温室中的布局优化也很重要，合理规划作物间距能降低后期调整时误铲的概率。清除过程中若出现误操作，立即退出游戏重进可回档至当天早晨状态。
最后铲除种子前应充分评估作物生长阶段和价值。某些稀有种子成长期较长，草率清除可能导致前功尽弃。建议建立系统的农场规划，减少不必要的铲除操作。对于需要频繁更换作物的玩家，可预留专用试验田区域，避免影响主要经济作物的生产节奏。
