特殊宝藏宝箱通常需要特定的解谜方法或条件才能开启。这类宝箱往往被圆形光圈、元素机关或隐藏机制保护，直接交互无法打开。常见的开启方式包括使用特定角色技能、激活周围机关、完成限时挑战或遵循线索提示。
对于被圆形光圈保护的宝箱，需优先破坏附近的守护机关。使用火元素角色（如安柏）点燃周围带有符号的柱子，或击败附近的怪物解除封印。部分光圈宝箱需要利用岩属性技能（如岩主荒星）压住机关，或投掷兔兔伯爵触发爆炸。若宝箱位于水下，需通过冰元素冻结水面或使用磁力角色吸附水底宝箱。注意观察环境中的元素反应提示，合理搭配队伍角色技能。
稻妻区域的特殊宝藏常与雷元素机制相关。雷剑阵宝箱需携带雷种子按顺序触碰剑柄消除雷光，击败出现的雷火武士后才能解锁。踏鞴砂的隐藏宝箱则需从特定角度靠近，避免触发自动封印。秘宝迷踪活动的特殊宝藏需根据藏宝图线索点亮地板，按固定顺序踩踏机关，或完成限时击杀挑战。建议在解谜时开启元素视野，便于发现隐藏的交互点。
部分宝箱需要完成前置任务或收集关键道具。如璃月归离遗迹的宝藏需先激活五个石碑和四个圆盘，最终在中央水池击败遗迹守卫；稻妻海螺屋宝箱需提交三个奇异海螺给NPC。层岩巨渊的流明石触媒宝箱则需装备道具点亮菱形石柱。这类宝箱通常奖励丰厚，但需耐心探索地图并留意任务提示。
例如高空风墙宝箱需收集三个风之种或从高处滑翔进入；空中透明楼梯宝箱需启动飞船机关并击败出现的怪物。若遇到挖掘提示，需在指定位置使用交互键，部分隐藏宝箱仅会在接近时显示。建议多尝试不同角度的移动和技能释放，避免遗漏细节。
