秘鲁丛林是玩家在游戏早期遭遇的首个大型探索区域，这里雨林密布，遗迹散落，其设计核心在于引导玩家熟练掌握劳拉的基础生存技能，并理解环境探索、机关解谜与生存战斗相结合的综合玩法。整个挑战发生在茂密而危险的亚马逊丛林环境中，玩家需要保持耐心，细致搜寻场景中的每一个可互动线索，因为通往深处的路径往往并不明显，必须通过富有挑战性的探索才能确立。该区域融合了密集的解谜、战斗与资源收集三大核心玩法，进入丛林后，玩家需要立刻熟悉基础的环境互动机制，例如观察岩壁上的白色划痕是可攀爬区域的明确提示，接近后即可使用攀岩斧进行攀爬。当遇到悬崖、裂缝或看到远处环形的木制目标及绳索连接点时，应果断使用弓箭射出绳索箭来搭建通道或拉动机关，这是开辟路径的基础。
攻克秘鲁丛林的关键在于有效应对其散布的各类解谜元素，这些谜题通常需要玩家利用周边的物件和机关来解开，核心机制围绕环境互动与物理运用展开。典型的谜题涉及古老的水利机关，例如遇到被路障阻挡的去路时，需要切换到弓箭，瞄准并射击旁边的绳索圈以拉动杠杆，让水流或泥沙堆积在路障前的容器里，从而清出道路。另一种常见的机关依赖物体的重量平衡来激活，玩家必须调整环境中重物的位置以找到恰当的平衡点。在深入探索时，玩家会找到地图或探险家背包，它们是解锁区域地图标记的关键，能帮助定位求生贮藏点、文献、遗物等收集品的位置。部分复杂的限时机关，如推动石轮至顶点后，需要玩家迅速反应，跳到下层平台并用绳索箭矢连接降下的绳桩与对岸的断桥，以此搭建通路，解开这些谜题能获得丰厚的技能点数奖励。
在丛林中生存与成长离不开系统的资源管理，玩家需要沿途积极收集各类资源。硬木、药草和兽皮是广泛分布的基础材料，用于后续升级装备和制作箭矢、治疗物品等。探索过程中需特别留意散落在遗迹角落的雕花木盒和红色木盒，打开它们可以提升语言知识等级或直接获得文物，而提升克丘亚语等知识等级是破译环境中独石碑的先决条件。独石碑作为重要的收集与引导要素，一旦被破译，就会在地图上显示一个圆圈，提示在此范围内存在稀有资源，玩家可依据线索进行挖掘。丛林中的收集品相当丰富，包括文献、壁画、求生贮藏点等，它们常常藏在不太起眼的地方，使用生存本能技能能让这些收集品以高亮显示，大大降低寻找难度。
秘鲁丛林还隐藏着被称为古墓挑战的独立解谜空间，例如审判凝视和冥界之门，探索这些古墓是游戏的一大乐趣，通常需要更复杂的解谜技巧。古墓内部往往黑暗且杀机重重，需要细致谨慎的探索技术才能到达，并以智慧破解机关。这些挑战可能涉及更精妙的配重系统、滑车机构或复杂的水流引导，其解法在于系统性观察并调整环境中物体的位置与关联。成功解开古墓谜题所获得的奖励通常也更为丰厚，能显著推动角色的成长进程。
