烧毁感染区是除疫专家剧情线的核心目标，游戏内共有13个感染区和18个需要清理的巢穴。完成全部清理可以解锁对应的奖杯，并有助于在游戏中解锁新的快速传送点。这些感染区分布在地图的各个区域，当你靠近巢穴时，其位置会自动标记在地图上，通常从很远就能看到。需所有感染区和巢穴都不会漏掉，即使在主线剧情结束后，你依然可以自由探索并返回指定区域进行清理，但有两个区域是例外：洛斯特湖和火山口湖的部分区域在主线剧情结束前会处于封锁状态，只有在完成相关剧情后才会重新开放。
开始清理行动前，时机的选择至关重要，强烈建议在白天进行。因为白天在巢穴周围活动的异变者数量会相对少一些，这能为你创造更安全的环境来接近和烧毁目标。规划好行动时间，可以有效降低被大量丧尸围攻的风险，让你更专注于摧毁巢穴本身。
烧毁巢穴最有效的方法是使用火焰攻击。你可以投掷场景中的油桶到巢穴附近，然后开枪射击将其引爆；也可以直接使用自制的燃烧瓶。但从资源效率角度考虑，最佳的工具是火焰弩箭，因为每份煤油可以制作3支火弩箭，而只能制作1个燃烧瓶。火焰弩箭的蓝图需要通过清理8个埋伏营地来解锁。当你成功烧毁巢穴后，会有大量异变者从中涌出，但你的目标仅仅是摧毁巢穴，并不需要与所有跑出来的异变者纠缠，完成任务后迅速脱离即可。
在执行清理任务时，需要讲究战术与资源管理。进入感染区后，应优先摧毁会发出持续噪音的喇叭装置，以防吸引尸潮聚集。清理过程中要善用求生视野技能来高亮可交互物体，并利用地形或掩体来规避异变者的追击。如果携带的弹药或燃烧道具不足，可以暂时撤退到外围进行补充，游戏机制允许你反复进出已解锁的区域。
