大掌门2后期最强阵容的核心在于合理搭配合璧技能与弟子缘分，同时兼顾输出、防御和控制的平衡。西门吹雪与叶孤城的合璧阵容是公认的后期强势选择，其合璧技能兼具单体爆发与群体伤害，配合燕南天、燕十三的坦克组合，能形成攻守兼备的体系。李寻欢为核心的速攻流和萧十一郎的流血控制流也具备后期竞争力，但需根据资源投入和实战环境调整。
后期阵容的强度不仅依赖弟子个体能力，更需注重技能联动。西门吹雪的伤害叠加特性在持久战中优势明显，而叶孤城的群体攻击能有效压制敌方血线。燕南天的嫁衣技能提供复活能力，燕十三则通过秒杀低气血目标补充伤害。此类组合需优先培养西门吹雪的攻击属性，确保其快速击杀关键目标。若资源有限，可侧重强化核心输出，其余弟子以防御型心法辅助。
萧十一郎阵容依靠沈璧君触发的流血效果持续消耗对手，楚留香通过偷取真气和减怒干扰敌方节奏。李寻欢阵容则依赖阿飞的保护和快活王的反弹机制，但需注意其群体爆发能力较弱。实战中需根据敌方阵容灵活调整站位，例如将楚留香置于前排吸收仇恨，或利用王怜花的闪避增益提高容错率。
西门吹雪与叶孤城、燕南天与燕十三的缘分可提升攻击与气血属性，谢晓峰与慕容狄狄的搭配能进一步强化输出。若选择李寻欢阵容，需激活其与阿飞、快活王的缘分以优化生存能力。后期应通过侠缘阵最大化激活上阵及助战弟子的缘分，避免因追求单一属性而破坏整体平衡。
资源分配策略直接影响阵容成型速度。平民玩家可优先通过论剑商店和侠魂殿获取合璧弟子碎片，高投入玩家则需统筹装备强化与心法搭配。西门吹雪阵容对资源需求较高，需集中培养攻击属性；萧十一郎阵容更依赖技能等级，需优先提升合璧与控制效果。无论选择何种阵容，后期均需通过实战测试调整弟子站位与技能释放顺序。
